Göyçay şəhəri Mərkəz məscidinin qədim tarixi var. 1764-cü ilə qədər bu məkanda ətrafında heyva ağacları olan pir-qəbir olmuşdur. Bu səbəbdən yerli əhali tərəfindən bura “heyvalıq” da deyilərmiş.
1764-cü ildə bir tacir burada 10-12 nəfərin namaz qılması üçün hücrə tikdirmiş və hücrə girişində qapı qoydurmuşdur. Buradan karvan keçərkən insanlar namaz qılar və yaxud gecə qalarmışlar.
1898-ci ildə əhalinin çoxluğuna görə məscidin tikilməsi qərara alınmışdır. 1906-cı ildə məscid istifadəyə verilmişdir. Məscid 150-200 nəfərlikdir. Tarixi “Heyvalı” məscidi kimi tanınan Mərkəz məscidinin girişində karvansaray tikilmişdir. Məscid naməlum şəxslər tərəfindən 1924-cü ildə yandırılmış, həmin ildə yenidən bərpa edilmişdir. 1924-30-cu illərdə Pedaqoji məktəb kimi fəaliyyət göstərmişdir. 1955-ci ildən sonra orta məktəb olmuşdur. Bir neçə dəfə məscidin yerində tikilmiş 4 saylı məktəb yanğına məruz qalmışdır.
6 aprel 2000-ci ildə yenidən bərpa üçün təməli atılmış Mərkəz məscidi 27 sentyabr 2002-ci ildən ibadətə açılmışdır.
