Ağdərə rayonu 7 iyul 1993-cü ildə ermənilər tərəfindən işğal edilib.
Ağdərə keçmişdə adı dəyişdirildikdən sonra eyniadlı (Mardakert) rayonun mərkəzi olmuşdur. XIX əsrdə burada məskunlaşdırılmış ermənilər rayonun və qəsəbənin adını 1923-cu ildən Crabert, 1930-cu ildən isə Mardarkert kimi rəsmiləşdirmışdilər. 1992-ci ildən rayonun ərazisi Tərtər rayonuna birləşdirilmış, qəsəbə isə keçmiş adı ilə – Ağdərə adlandırılmışdır. Ağdərə şəhəri 1923-cü ildə yaradılmış Dağlıq Qarabağ Muxtar Vilayətinin tərkibində olan Ağdərə rayonuna tabe edilmişdir. 1960-cı ildə şəhər tipli qəsəbə, 1985-ci ildə şəhər statusu alıb.
İşğaldan əvvəl Ağdərənin ərazisi 1705 km², əhalisi 44,4 min nəfər olub. Ağdərənin rayon tipli iki qəsəbə, 57 kənd, 67 klub, 51 kitabxana, 30 orta məktəb, 27 məktəbəqədər qəsəbə, 7 xəstəxana, 1 texniki peşə məktəbi işğal altında qalıb. Əsasən dağlıq, şərq hissəsi isə düzənliklərdən ibarət olan Ağdərə faydalı qazıntılarla – polimetal yatağı, əhəngdaşı və gipslə zəngindir. Əsas çayları Tərtər və Xaçındır. Rayon ərazisinin 44 faizini isə meşələr tutur. Ağdərə Dağlıq Qarabağın mühüm kənd təsərrüfatı rayonlarından idi, iqtisadiyyatında üzümçülük, taxılçılıq, tütünçülük və heyvandarlıq əsas yer tuturdu. Tərtər çayı dərəsi boyunca Azərbaycanın yuxarı və aşağı Qarabağını birləşdirən karvan və avtomobil yolları var idi.
Ağdərə şəhəri Dağlıq Qarabağdakı bir çox ərazilər kimi Qarabağ müharibəsinin başlanğıcında erməni hərbçilərinin nəzarəti altına keçir. 1992-ci ildə Azərbaycan ordusunun hücumu nəticəsində iyulun 4-də Ağdərə şəhəri erməni işğalçılarından azad edilir. 1 il boyunca şəhər ətrafındakı kəndlərdə və yüksəkliklərdə aramsız döyüşlər gedir. Lakin 1993-cü ildə Azərbaycanda 4 iyun Gəncə qiyamı baş verir. Qarabağ cəbhəsində döyüşən orduya rəhbərlik edən Surət Hüseynov mərkəzi hakimiyyətə qarşı qiyam edərək Bakıya doğru hücuma keçir. Onun rəhbərlik etdiyi ordu bölmələri öz mövqelərini qoyaraq Bakıya doğru hücuma qoşuldular. Bundan məharətlə istifadə edən Ermənistan ordusu 7 iyul 1993-cü ildə Ağdərə şəhərini yenidən işğal edir.
Ağdərənin qədim memarlıq abidələri və qədim körpüləri, müqəddəs ziyarətgahı Ulduztəpə piri də düşmən tapdağındadır. Və bütün bu abidələr düşmən tərəfindən dağıdılıb.
